Булевые операции – это всегда испытание для геометрии. И в результате получается или плохая геометрия, или совсем кривая. Иногда результат может быть визуально нормальным, но из-за кривой сетки при следующих каких-то операциях вы можете столкнуться с проблемами. А можете и не столкнуться, всё зависит от ситуации.

Соответственно, и при самом вычислении булевых операций имеет значение, что у вас с геометрией. Например, на сфере вычитание сработает лучше тогда, когда эта сфера будет создана не из примитива Сферы, а из примитива Polyhedron, которому надо накинуть Subdivision на двоечку.

Вот сравнение сферы и многогранника, доведённого до сферы: